昆虫類
馬込川河口部から上流部の御陣屋川において、モンシロチョウ、ベニシジミ、ヤマトシジミなどのチョウ類が多く生息している。御陣屋川では、キチョウなど、中下流部ではみられなかった種も確認されている。また、上流～中流部でトンボ目数種、アオマツムシなど、河口部付近でヒロバネカンタンなどが確認されている。
静岡県ＲＤＢ等にとりあげられた種としては、ハッチョウトンボ（静岡県ＲＤＢ：絶滅危惧ⅠＢ類）、オオキトンボ（静岡県ＲＤＢ：絶滅危惧ⅠＡ類、環境省ＲＤＢ：絶滅危惧Ⅰ類）、オオチャバネセセリ（静岡県ＲＤＢ：絶滅危惧Ⅱ類）などが確認されている。