区間毎の自然環境
馬込川流域の自然環境は、上流部、中流部、下流部に分けることができ、河床構成材料は、感潮区間である下流区間では、シルト及び砂礫、中流区間から上流区間では主に砂礫からなっている。
馬込川上流部及び御陣屋川
○区間：染地川合流点～起点，御陣屋川
○河床勾配：1/400
○河床材料：砂礫
○土地利用：市街化調整区域（主に農用地）
馬込川 水深橋付近の様子
ヤマトミクリ（御陣屋川）
馬込川中流部及び芳川上流部
○区間：馬込新橋～染地川合流点（馬込川），国道1号BP橋～起点（芳川）
○河床勾配：1/1100～1/1380
○河床材料：砂礫
○土地利用：市街化区域（主に住宅地、商業地）
馬込川 八幡瀬橋付近の様子
馬込川及び芳川下流部
○区間：河口～馬込新橋（馬込川），河口～国道1号BP橋（芳川）
○河床勾配：1/300～1/7000
○河床材料：シルト質
○土地利用：市街化調整区域（主に農用地）
馬込川 中田島橋付近の様子