鳥類
巴川下流域では、水面で魚を捕食するユリカモメ、カワウ、セキレイ類の中では下流域で多く確認されるハクセキレイなどが生息しています。
巴川中流域では、コサギ・アオサギといったサギ類、セキレイ類の中では中流域で多く確認されるセグロセキレイ、流れが緩やかで水際に植物が生育することからカルガモなどが生息しています。
麻機遊水地では、サギ類、ケリ、カイツブリ、バン、カワセミなどの水鳥やオオヨシキリ、ヨシゴイ、ノビタキ、シギ類、カモ類など静岡県内で確認された約380種のうちの半分以上が確認されています。年中見られる代表的な野鳥は、サギ類、ケリ、カイツブリなどです。
巴川上流域では、セキレイ類の中では上流域で多く確認されるキセキレイ、谷沿いの林に生息するオオルリ、平地から山地に生息して魚を捕食するカワセミ等が生息し、また、巴川は市街地に隣接することから、スズメやムクドリといった人里に生息する鳥類が多く見られます。
大谷川放水路は、市街地を流れるものの、垂直のコンクリート護岸によって人為的な干渉から距離をおくことができ、また流れが緩やかで抽水植物、水草が多いことから、それらを餌とするカルガモ、水辺で魚類等を捕食するアオサギ、水辺で採餌するイカルチドリ、巴川下流域と同様にハクセキレイなどが生息しています。
長尾川の下流域は、瀬切れが発生しており水辺の鳥は少なくなっているものの、河原で昆虫を捕食するセグロセキレイなどが生息しています。長尾川の上流域は、巴川上流と同様にキセキレイ、また岩場や橋梁下などを営巣地とするイワツバメ、渓流環境に特徴的なカワガラスなどが生息しています。
大沢川は、川幅が狭く車道とも接することから、水辺の鳥類としてはセキレイ類が生息する程度となっています。
静岡県RDB等にとりあげられた種としては、オオセッカ・サンカノゴイ（いずれも静岡県RDB：絶滅危惧ⅠB類、環境省RDB：絶滅危惧ⅠB類）、コアジサシ（静岡県RDB：絶滅危惧ⅠB類、環境省RDB：絶滅危惧Ⅱ類）、ヒクイナ（静岡県RDB：絶滅危惧ⅠB類、環境省RDB絶滅危惧Ⅱ類）、ヤマセミ（静岡県RDB：絶滅危惧Ⅱ類）、イカルチドリ（静岡県RDB：準絶滅危惧）などが確認されています。